Desde o primeiro dia de inscrições, o sistema calcula, durante a madrugada, as notas de corte (nota mínima) de cada curso — podem ser verificadas em caráter apenas informativo pelo estudante. Durante o período em que o sistema estiver aberto para inscrições, o candidato pode mudar as opções a partir da observação da nota de corte.
Podem se candidatar às bolsas os estudantes que participaram do Exame Nacional do Ensino Médio (Enem) em 2010 e tenham atingido no mínimo 400 pontos na média das cinco notas (em ciências da natureza e suas tecnologias; ciências humanas e suas tecnologias; linguagens, códigos e suas tecnologias; matemática e suas tecnologias e redação) e não tenha tirado nota zero na redação. Para concorrer à bolsa integral, o estudante deve comprovar renda familiar, por pessoa, de até um salário mínimo e meio; para bolsa parcial, renda familiar, por pessoa, de até três salários mínimos.
Além de ter feito o Enem 2010 e ter alcançado a pontuação mínima, o candidato deve ter cursado todo o ensino médio em escola pública ou em escola particular, na condição de bolsista integral. Professores da rede pública de educação básica que concorrem a bolsas em cursos de licenciatura, normal superior ou de pedagogia não precisam cumprir o critério de renda, desde que estejam em efetivo exercício e integrem o quadro permanente da escola.
As inscrições devem ser feitas pela internet, na página eletrônica do ProUni. O candidato precisa informar o número de inscrição e a senha usados no Enem de 2010 e o CPF.