Depois de aprovados os projetos, os recursos serão liberados em duas parcelas. A primeira será repassada pelo FNDE após a assinatura do termo de compromisso para a execução da obra. A segunda, depois de análises técnicas específicas de cada caso. O prazo de 18 meses começa a contar a partir do recebimento da primeira parcela.
Após terminar a obra ou o prazo limite para a execução, os beneficiados terão 60 dias para prestar contas ao FNDE dos recursos recebidos. Entre os documentos necessários para comprovar a devida utilização dos recursos estão a cópia do despacho adjudicatário e homologação de licitações realizadas para a execução da obra; a relação de pagamentos efetuados, de bens adquiridos, produzidos ou construídos com recursos da União; extratos bancários da conta corrente em que os recursos foram depositados, entre outros. É preciso também comprovar o domínio dos terrenos, por meio de cópia da certidão atualizada e autenticada do imóvel.
